特异性引物助力肠道中乳酸菌生物多样性研究

人肠道中含有丰富的乳酸菌（Lactic Acid Bacteria，LAB），对人体具有重要意义。但在粪便中的存在部分低丰度乳酸菌物种，一般测序深度很难捕获乳酸菌的生物多样性。

针对这一瓶颈，内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室比较分析了443个乳酸菌模式菌株基因序列，设计了可用于肠道中乳酸菌高通量测序的特异性PCR引物（扩增片段约750 bp）。基于PacBio SMRT测序平台，利用该引物解析肠道中乳酸菌的生物多样性，可有效富集肠道中乳酸菌，使其平均相对含量由原来的1-2%提高到10-13%；同时，发现的乳酸菌种类明显高于普通引物的，展现了肠道中低丰度乳酸菌物种的多样性。

该研究“Design of primers for evaluation of lactic acidbacteria populations in complex biological samples”于2018年8月31日发表在Frontier in Microbiology（9: 2045，doi.org/10.3389/fmicb.2018.02045）杂志，受到相关领域研究人员认可，并入选热心肠先生公众号推送文章之一。

原文链接：

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2018.02045/full

Figure 1.  (A) Shannon diversity index in three fecalDNA samples amplified with candidate LAB-specific primers.

Figure 2. Thediversity of target LAB OTUs in three fecal DNA samples amplified withcandidate LAB-specific primers.