单细胞扩增技术组合单分子实时测序技术提高传统发酵乳制品细菌检测灵敏度

传统发酵乳制品是乳酸菌等微生物资源的宝贵载体，具有重要的研究和应用价值。纯培养和普通的宏基因组方法只能重构生态环境中具有生长优势的微生物信息，无法准确分析其中的微生物多样性。 

基于上述现状，内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室研究人员采用单细胞扩增技术与第三代测序技术（PacBio SMRT）相结合的方法，对不同地域的30份酸马奶单细胞悬液样品进行了分析。共鉴定出37个属、62种细菌，较Illumina测序显著增加约2.58倍。除常见物种外，发现了6种低丰度的乳酸菌物种，还鉴定出微量的病原菌和其他具有生物应用价值的物种。

单细胞扩增技术组合单分子实时测序技术能够更精准地揭示传统发酵乳中的微生物多样性，发现低丰度物种和快速检测微量病原菌，为发酵乳细菌污染和产品质量监测提供了新的思路和方法。

该研究“Single molecule, real-time sequencing technology improvesthe sensitivity in detecting bacteria from koumiss, a traditional fermenteddairy product”已于2018年4月被Science Bulletin (IF: 4.136)接收。

Figure 1.  Boxplotsof the koumiss bacteria distribution at species level

FigureS1. Comparative analysis of bacteria species in koumiss samples with differentsequencing techniques