比较基因组学揭示粪肠球菌的环境适应性

粪肠球菌不仅是肠道共生菌，同时也是一种重要的病原菌。粪肠球菌在自然界中普遍存在，并且已经从各种环境中分离出来，包括胃肠道、粪便、血液、尿液、水和发酵食品（如乳制品）。为了阐明分离环境在粪肠球菌基因组形成中的作用，我们对78株不同来源的粪肠球菌进行了比较基因组分析。

尽管基于全基因组的系统发育分析没有发现粪肠球菌的分离环境和系统发育之间的相关性，但我们的数据确实揭示了粪肠球菌基因组的某些环境相关特征。来自不同环境的菌株在基因组大小和基因数量上存在显著差异。一般来说，来自水源的菌株具有最小的基因组大小和最少的预测基因。我们还鉴定了293个环境特异性基因，其中一些可能与特定环境中生存的适应策略有关。此外，来自乳制品、水和血液的菌株基因组中存在大量抗生素耐药基因和毒力因子，从基因组层面揭示了粪肠球菌的不安全性。

     该成果“Comparative genomic analysis of Enterococcus faecalis: insights into their environmental adaptations”已于2018年7月发表在《BMC Genomics》（JCR2区，IF=3.73）

原文链接：DOI：10.1186/s12864-018-4887-3

Figure 4: Phylogenetic tree of the 78 strains of Enterococcus faecalis based on core genome sequences.

Figure5: The heatmap ofenvironment-specific genes.

The blue dots represent genes present in the strains. The genes annotated as “transposase” and “phage protein” were highlighted with yellow and green.