比较基因组学揭秘食草动物肠道中罗伊氏乳杆菌的遗传多样性和生境

罗伊氏乳杆菌（Lactobacillus reuteri）属于革兰氏阳性菌，发酵特性为异性乳酸发酵，常存在于人或其它动物肠道中。已有大量研究证明，L. reuteri具有一定的益生功效，例如调节宿主免疫系统、产生广谱抗菌化合物、预防腹泻和结肠炎等。近年来，L.reuteri已被作为脊椎动物肠道共生体的模型来研究生态和进化。然而，关于食草动物肠道中L.reuteri遗传进化研究却鲜有报道。

    基于以上现状，内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室研究人员将分离自山羊、绵羊、马、牛肠道中的16株L.reuteri进行基因组重测序，结合已公布的17株杂食动物肠道分离株和4株酸面团分离株进行比较基因组学分析。结果发现来源于不同宿主的L.reuteri进化历程各异，且某些与细菌黏附特性有关的细胞表面蛋白编码基因和碳水化合物活性酶编码基因具有宿主特异性。该研究进一步证实，不同生境来源的L.reuteri遗传多样性与其生存环境息息相关。

    该研究“Comparative genomics of the herbivore gut symbiont Lactobacillus  reuteri reveals genetic diversity and lifestyle adaptation”已于2018年3月发表在《Frontiers in Microbiology》（JCR2区，IF:4.019）。

原文链接：
https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.01151

FIGURE 1 .Phylogeny of Lactobacillus reuteri was inferred using a maximum likelihood method.


FIGURE 2 .Shared and unique gene families of Lactobacillus reuteri strains from different clades of herbivore-derived L. reuteri strains (A). Venn plot showing shared
and unique genes distribution (B). A heatmap representation of BLASTN comparison of specific genes against sequenced  L. reuteri genomes.