传统发酵乳制品的宏基因组特征

传统发酵乳制品因其营养价值和益生特性广受欢迎，微生物群落是影响其质量和安全的关键因素。本研究对采集自中国新疆地区（查尔县、昭苏县、尼勒克县）的23份酸马奶进行深度宏基因组测序(35Gbp raw data/样品)，并结合NCBI中20份Nunu、18份开菲尔和12份酸乳样品的宏基因组数据集进行了宏基因组学分析。

　　结果表明，不同类型样品间的微生物群落组成差异较大，特别是优势物种。此外，基于宏基因组组装方法，73份样品中共得到153个基因组（MAGs），包括四个假定的新物种（属于乳杆菌属，链球菌属，醋酸杆菌属，罗氏菌属），它们的基因组包含大量编码细菌素的基因，可能与发酵过程不良微生物的控制有关，同时还鉴定到碳水化合物活性酶和次级代谢物簇的各种基因元素，这些元素可能影响乳制品的风味，质量和/或安全性。宏基因组分析解析了发酵乳中噬菌体的含量和细菌之间复杂的相互作用，包括噬菌体的侵染史以及乳杆菌科与噬菌体之间的关系。

　　综上, 本研究强调了传统发酵乳中微生物多样性和异质性。我们的研究发现宏基因组深度测序对了解低复杂度微生物群落是十分必要的。

传统发酵乳制品群落组成及多样性

传统发酵乳制品宏基因组组装与分析

传统发酵乳制品菌群中的噬菌体

传统发酵乳制品的宏基因组特征