评估生物群落特异性基因集的宏基因组组装方法

Microbiome

① 在单样本组装和多样本混拼两种常用的宏基因组组装方法基础上，开发了一种混合组装方法（Mix-assembly），核心是将前两种方法得到的基因聚类，获得混合非冗余基因集；

② 混装方法在非冗余基因、完整基因和可注释功能基因数量上均显著优于其它两种方法；

③ 混装基因集中低丰度基因主要源自多样本混拼，而高丰度基因则源自单样本组装；

④ 使用混装方法对波罗的海环境样本重新分析，将原始基因集扩大了10倍，极大地拓展了样本中可利用信息。

Evaluating metagenomic assembly approaches for biome-specific gene catalogues
05-06, doi: 10.1186/s40168-022-01259-2

【主编评语】目前，将宏基因组reads组装成contigs，单样本组装和多样本混拼（co-assembly）是两种常用的组装方法，这两种方法都存在潜在的优点和缺点。近日，Microbiome发表最新研究，作者在这两种组装方法的基础，开发了一种混合组装方法（Mix-assembly），其核心是将两种方法得到的基因聚类进而获得混合非冗余基因集。进一步使用该方法对波罗的海环境样本重新分析，结果将原始基因集扩大了10倍。总之，该研究表明通过混合组装方法或许是增加宏基因组样本信息的一种可行方法，值得关注和尝试。